Pengadilan memutuskan untuk mengeksekusi Stinney dalam waktu sekitar tiga bulan.
Sempat ada perdebatan terkait hasil ini, terutama tentang Stinney yang masih terlalu kecil untuk duduk di kursi listrik.
Selain karena elektroda terlalu besar untuk kakinya, tali pengikat juga tidak pas dengan tubuhnya sehingga Stinney harus duduk di atas alkitab agar sesuai dengan kursinya.
Namun, keraguan tersebut diabaikan dan pada 16 Juni 1944, Stinney tetap dieksekusi. Ia menjadi orang termuda yang dihukum mati.
Kasus ini membuat marah para pembela hak-hak sipil. Stinney di interogasi sendirian di sebuah ruangan kecil, tanpa didampingi oleh orangtua maupun pengacaranya.
Saat itu, polisi mengatakan bahwa Stinney mengaku telah membunuh keduanya karena Binnicker menolak untuk berhubungan badan dengannya.
Beberapa tahun setelahnya, sejarawan George Frierson mulai mempelajari kasus ini. Ia juga menemui mantan teman satu sel Stinney, Wilfor Hunter.
Hunter mengatakan bahwa Stinney membantah tuduhan yang ditujukan kepadanya.
“Saya tidak, tidak melakukannya," tutur Hunter saat mengulang apa yang dikatakan Stinney. "Mengapa mereka membunuh saya untuk sesuatu yang tidak saya lakukan?”
Pada tahun 2009, Matt Burgess, seorang pengacara berencana untuk mengajukan laporan dari anggota keluarga Stinney.