Munir sempat mendapat pertolongan dari seorang dokter yang berada dalam pesawat. Dia kemudian dipindahkan ke sebelah bangku dokter dan mendapat perawatan.
Munir dinyatakan telah meninggal empat puluh ribu kaki di atas tanah Rumania.
Dilansir dari Harian Kompas yang terbit 8 September 2004, Munir sempat diduga sakit sebelum mengembuskan napas terakhirnya sekitar pukul 08.10 waktu setempat, dua jam sebelum mendarat di Bandara Schiphol, Amsterdam.
Munir itu sempat terlihat seperti orang sakit setelah beberapa kali ke toilet, setelah pesawat lepas landas dari transitnya di Bandara Changi, Singapura.
Saat pesawat GA 974 mendarat, penumpang tak dibolehkan turun, sesuai prosedur otoritas bandara saat ada penumpang meninggal di dalam pesawat.
Setelah menjalani pemeriksaan selama 20 menit, baru penumpang dibolehkan turun. Jenazah Cak Munir pun diturunkan dan dalam pengurusan otoritas bandara.
Proses otopsi dilakukan untuk mencari tahu penyebab tewasnya penerima berbagai penghargaan terkait HAM di Indonesia.
Pada 12 September 2004, jenazah dimakamkan di kota kelahirannya, Batu, Malang. Meski demikian, hasil otopsi kemudian menyatakan bahwa Munir tewas akibat diracun. Makamnya pun dibongkar, jenazahnya diotopsi.
Tak temui titik terang
Hingga saat ini memang kasus kematian Munir belum menemui titik terang.