Wisnu Pramuditha, juru bicara badan keamanan laut Indonesia (Bamkala) mengatakan pada This Week in Asia pihaknya dengan tegas menolak klaim China atas perairan Natuna.
Ia menambahkan bahwa kawasan itu berada dala zona ekonomi eklusif (ZEE) Indonesia.
Tidak jelas kapan kapal itu datang, namun dikatakan terlihat pertama kali pada hari Sabtu (12/9).
Insiden itu terjadi di dekat Kabupaten Natuna, kepulauan yang merupakan satu di antara 272 pulau di Laut China Selatan.
Klaim Beijing atas banyak bagian di Laut China Selatan, mengkaitkannya dengan sembilan garis putus-putus.
Sembilan garis putus-putus itu adalah batas yang membentuk huruf U yang mencakup sekitar 90 persen perairan.
Garis tersebut dikatakan berasal dari tahun 1940-an, ketika dimasukkan ke dalam peta Tiongkok oleh Partai Nasionalis Tiongkok.
Hal itu membuat Tiongkok percaya diri melakukan klaim di wilayah Laut China Selatan, termasuk menyerobot wilayah Natuna yang merupakan milik Indonesia.
Klaim atas Laut China Selatan itu sudah ada sejak ratusan tahun sebelumnya, meski kini masih menjadi perdebatan sengit.
Dalam beberapa bulan Amerika dan Australia dengan tegas menolak klaim berdasarkan sejarah atas wilayah tersebut.