Selanjutnya pada tahun 1999, akhirnya terjadi referendum Timor Timur.
Melalui referendum tersebut, Timor Leste memilih untuk merdeka, setelah 24 tahun menjadi bagian Indonesia dengan diwarnai perang gerilya.
Pada saat itu pemilih yang berpartisipasi mencapai 90 persen, sehingga penentuan pendapat tidak perlu diperpanjang.
Mengutip Kompas.com, akhirnya pada Sabtu (4/9/1999), PBB mengumumkan hasil penentuan pendapat (jajak pendapat).
Sekjen PBB Kofi Annan di New York mengumumkannya pada pukul 08.00 WIB.
Hasilnya dari sekitar 450.000 pemilih, 78,5 persen (344.580) warga Timor Timur memilih untuk menolak otonomi, dan sekitar 21 persen (94.388) memilih otonomi, sedangkan 7.985 suara (1,8 persen) dinyatakan tidak sah.
Menurut Kofi Annan, hasil itu menunjukkan bahwa penduduk Timtim menginginkan kemerdekaan.
Pada saat bersamaan, pengumuman itu juga dibacakan Ketua Unamet Ian Martin, di Dili, yang dialihbahasakan ke dalam bahasa Indonesia, Portugal, dan Tetum.
Dalam pidatonya Annan meminta semua pihak menghentikan segala tindakan kekerasan yang selama 24 tahun mengakibatkan penderitaan di Timtim.