Dugaan lainnya adalah malfungsi katup di kabin yang menyebabkan kedua pilot menderita hipoksia.
Ada juga teori-teori konspirasi lain seperti sabotase bermotif politik, bunuh diri, bahkan tabrakan dengan UFO.
Kebenaran yang ditutupi
Teman Gagarin dan sesama kosmonot Rusia, Alexei Leonov, mendatangi langsung lokasi kecelakaan pada hari terjadinya insiden, dan bersama Gherman Titov bertugas di dewan penyelidik kecelakaan tersebut.
Pada 2013 Leonov mengumumkan di jaringan TV Russia Today, bahwa ada laporan lain tentang kecelakaan itu yang belum lama dideklasifikasi dan menjelaskan cerita sebenarnya.
Begini isi laporannya: Ada pesawat kedua yang sedang latihan hari itu juga, yaitu jet Su-15.
Pesawat itu seharusnya terbang di ketinggian 33.000 kaki, tapi salah dengan melayang di sekitar 2.000 kaki, dekat pesawat Gagarin.
Su-15 lebih besar dari pesawat MiG-15-nya Gagarin, sehingga jika keduanya berdekatan, pesawat yang lebih kecil dapat terguling karena terkena gelombang udara.
Setelah menjalankan berbagai simulasi komputer, laporan tersebut menyimpulkan bahwa satu-satunya penjelasan yang logis atas kecelakaan itu adalah Su-15 terbang terlalu dekat dengan MiG-15.
Su-15 membuat pesawat Gagarin terbalik sehingga menukik spiral ke bawah,
dan tak bisa dipulihkan sehingga.