Walau demikian rapat tetap dilaksanakan. Akan tetapi tak lama setelah itu Komandan Tjakrabirawa Brigjen Dabur mengirim nota kepada Brigjen Amirmachmud dimana ada pasukan liar di luar istana.
Amirmachmud lantas memberitahukan ini kepada Soekarno.
Mengetahui adanya pasukan liar tersebut, Soekarno sempat panik.

Letjen TNI M.Jusuf (kiri) dan Letjen TNI Amir Machmud, keduanya saksi dimana Supersemar ditandatangani oleh Soekarno
Ia lantas meninggalkan rapat dan menyerahkan kepemimpinan rapat kepada Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Johannes Leimena.
Bung Karno kemudian naik helikopter menuju Istana Bogor agar mendapat pengamanan yang lebih terjamin.
Sore harinya tiga orang jenderal menemui Soekarno di Istana Bogor.
Baca Juga: Bupati Wonogiri Umumkan Nol Kasus Virus Corona Sejak Empat Hari Lalu, Ternyata Ini Kuncinya
Ketiganya yakni Mayjen Basoeki Rachmat, Brigjen M Jusuf, dan Brigjen Amirmachmud.
Disinyalir ada juga kehadiran perwira tinggi lainnya yakni Maraden Panggabean.
Soekardjo Wilardjito, ajudan Soekarno mengatakan saat itu ditodong pistol FN 46 oleh Panggabean sehingga Bung Karno dalam keadaan tertekan saat menandatangani Supersemar.
Soekardjo juga lantas mencabut pistolnya karena keselamatan presiden terancam.